AT3G13450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transketolase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
branched chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 beta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DARK INDUCIBLE 4 (DIN4); FUNCTIONS IN: 3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring) activity, catalytic activity; INVOLVED IN: response to light stimulus, response to sucrose stimulus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transketolase, C-terminal (InterPro:IPR005476), Transketolase-like, C-terminal (InterPro:IPR015941), Transketolase, C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, domain II (InterPro:IPR009014), Transketolase-like, pyrimidine-binding domain (InterPro:IPR005475); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: branched-chain alpha-keto acid decarboxylase E1 beta subunit (TAIR:AT1G55510.1); Has 16402 Blast hits to 16393 proteins in 2657 species: Archae - 210; Bacteria - 10668; Metazoa - 495; Fungi - 224; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4420 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4382340..4384295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39421.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 358 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAALVRRFC RGSSFPVSGH GYRMLSTVEN VSESGKSMNL YSAINQALHI ALETDPRSYV FGEDVGFGGV FRCTTGLAER FGKSRVFNTP LCEQGIVGFG 101: IGLAAMGNRV IAEIQFADYI FPAFDQIVNE AAKFRYRSGN QFNCGGLTIR APYGAVGHGG HYHSQSPEAF FCHVPGIKVV IPRSPREAKG LLLSSIRDPN 201: PVVFFEPKWL YRQAVEDVPE DDYMIPLSEA EVMREGSDIT LVGWGAQLTI MEQACLDAEN EGISCELIDL KTLIPWDKEI VETSVRKTGR LLISHEAPVT 301: GGFGAEIAAT IVERCFLRLE APVSRVCGLD TPFPLVFEPF YMPTKNKILD AIRSTVNY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)