AT3G13445.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TATA binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
TBP (TATA binding protein) associates with TAF(II)s (TBP-associated factors) to form the TFIID general transcription factor complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TATA binding protein 1 (TBP1); FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription factor activity, binding, DNA binding; INVOLVED IN: transcription initiation from RNA polymerase II promoter, regulation of transcription, DNA-dependent; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TATA-box binding (InterPro:IPR000814), Beta2-adaptin/TATA-box binding, C-terminal (InterPro:IPR012295), Transcription factor TFIID, C-terminal/DNA glycosylase, N-terminal (InterPro:IPR012294); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TATA binding protein 2 (TAIR:AT1G55520.2); Has 2082 Blast hits to 1578 proteins in 405 species: Archae - 722; Bacteria - 0; Metazoa - 573; Fungi - 191; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 441 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:4380317..4381869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22369.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 200 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTDQGLEGSN PVDLSKHPSG IVPTLQNIVS TVNLDCKLDL KAIALQARNA EYNPKRFAAV IMRIREPKTT ALIFASGKMV CTGAKSEDFS KMAARKYARI 101: VQKLGFPAKF KDFKIQNIVG SCDVKFPIRL EGLAYSHAAF SSYEPELFPG LIYRMKVPKI VLLIFVSGKI VITGAKMRDE TYKAFENIYP VLSEFRKIQQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)