AT3G12560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TRF-like 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a telomeric DNA-binding protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRF-like 9 (TRFL9); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: telomeric DNA binding protein 1 (TAIR:AT5G13820.1); Has 334 Blast hits to 327 proteins in 39 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 5; Fungi - 6; Plants - 306; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 17 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3982272..3984848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68762.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 619 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVFKRKLDCL SVGFDFPNIP RAPRSCRRKV LNKRIDHDDD NTQICAIDLL ALAGKILQES ESSSASSNAF EEIKQEKVEN CKTIKSESSD QGNSVSKPTY 101: DISTEKCVVN SCFSFPDSDG VLERTPMSDY KKIHGLMDVG CENKNVNNGF EQGEATDRVG DGGLVTDTCN LEDATALGLQ FPKSVCVGGD LKSPSTLDMT 201: PNGSYARHGN HTNLGRKDDD EKFYSYHKLS NKFKSYRSPT IRRIRKSMSS KYWKQVPKDF GYSRADVGVK TLYRKRKSCY GYNAWQREII YKRRRSPDRS 301: SVVTSDGGLS SGSVSKLPKK GDTVKLSIKS FRIPELFIEV PETATVGSLK RTVMEAVSVL LSGGIRVGVL MHGKKVRDER KTLSQTGISC DENLDNLGFT 401: LEPSPSKVPL PLCSEDPAVP TDPTSLSERS AASPMLDSGI PHADDVIDSR NIVDSNLELV PYQGDISVDE PSSDSKELVP LPELEVKALA IVPLNQKPKR 501: TELAQRRTRR PFSVTEVEAL VQAVEELGTG RWRDVKLRAF EDADHRTYVD LKDKWKTLVH TASISPQQRR GEPVPQELLD RVLRAYGYWS QHQGKHQARG 601: ASKDPDMNRG GAFESGVSV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)