AT3G12120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Major enzyme responsible for the synthesis of 18:2 fatty acids in the endoplasmic reticulum. Contains His-rich motifs, which contribute to the interaction with the electron donor cytochrome b5. Mutations in this gene suppress the low temperature-induced phenotype of Arabidopsis tocopherol-deficient mutant vte2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid desaturase 2 (FAD2); FUNCTIONS IN: omega-6 fatty acid desaturase activity, delta12-fatty acid dehydrogenase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lipid metabolic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3474 (InterPro:IPR021863), Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid desaturase 3 (TAIR:AT2G29980.1); Has 2431 Blast hits to 2431 proteins in 654 species: Archae - 0; Bacteria - 821; Metazoa - 31; Fungi - 266; Plants - 965; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 348 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3860592..3861743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44050.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAGGRMPVP TSSKKSETDT TKRVPCEKPP FSVGDLKKAI PPHCFKRSIP RSFSYLISDI IIASCFYYVA TNYFSLLPQP LSYLAWPLYW ACQGCVLTGI 101: WVIAHECGHH AFSDYQWLDD TVGLIFHSFL LVPYFSWKYS HRRHHSNTGS LERDEVFVPK QKSAIKWYGK YLNNPLGRIM MLTVQFVLGW PLYLAFNVSG 201: RPYDGFACHF FPNAPIYNDR ERLQIYLSDA GILAVCFGLY RYAAAQGMAS MICLYGVPLL IVNAFLVLIT YLQHTHPSLP HYDSSEWDWL RGALATVDRD 301: YGILNKVFHN ITDTHVAHHL FSTMPHYNAM EATKAIKPIL GDYYQFDGTP WYVAMYREAK ECIYVEPDRE GDKKGVYWYN NKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)