AT3G10230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lycopene cyclase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with lycopene β-cyclase activity. This enzyme uses the linear, symmetrical lycopene as substrate. However, unlike the ε-cyclase which adds only one ring, the β-cyclase introduces a ring at both ends of lycopene to form the bicyclic β-carotene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lycopene cyclase (LYC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lycopene beta/epsilon cyclase (InterPro:IPR008671), Lycopene cyclase, beta/epsilon (InterPro:IPR010108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Lycopene beta/epsilon cyclase protein (TAIR:AT5G57030.1); Has 1445 Blast hits to 1439 proteins in 252 species: Archae - 29; Bacteria - 306; Metazoa - 0; Fungi - 5; Plants - 374; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 731 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3164340..3165845 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56179.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 501 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTLLKTPNK LDFFIPQFHG FERLCSNNPY HSRVRLGVKK RAIKIVSSVV SGSAALLDLV PETKKENLDF ELPLYDTSKS QVVDLAIVGG GPAGLAVAQQ 101: VSEAGLSVCS IDPSPKLIWP NNYGVWVDEF EAMDLLDCLD TTWSGAVVYV DEGVKKDLSR PYGRVNRKQL KSKMLQKCIT NGVKFHQSKV TNVVHEEANS 201: TVVCSDGVKI QASVVLDATG FSRCLVQYDK PYNPGYQVAY GIVAEVDGHP FDVDKMVFMD WRDKHLDSYP ELKERNSKIP TFLYAMPFSS NRIFLEETSL 301: VARPGLRMED IQERMAARLK HLGINVKRIE EDERCVIPMG GPLPVLPQRV VGIGGTAGMV HPSTGYMVAR TLAAAPIVAN AIVRYLGSPS SNSLRGDQLS 401: AEVWRDLWPI ERRRQREFFC FGMDILLKLD LDATRRFFDA FFDLQPHYWH GFLSSRLFLP ELLVFGLSLF SHASNTSRLE IMTKGTVPLA KMINNLVQDR 501: D |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)