AT3G09910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog C2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog C2B (RABC2b); FUNCTIONS IN: GTP binding, transcription factor binding, ATP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: endomembrane system, intracellular; EXPRESSED IN: sepal, root, carpel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras (InterPro:IPR013753), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Small GTPase (InterPro:IPR020851), RNA polymerase sigma factor 54, interaction (InterPro:IPR002078), Rab18 (InterPro:IPR015598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog C2A (TAIR:AT5G03530.1); Has 29365 Blast hits to 29334 proteins in 746 species: Archae - 15; Bacteria - 117; Metazoa - 15214; Fungi - 4279; Plants - 3567; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 6153 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3036864..3038121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22905.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 205 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSSSGQSGY DLSFKILLIG DSGVGKSSLL LSFISSSVED LAPTIGVDFK IKQMKVRGKR LKLTIWDTAG QEKFRTLTSS YFRGSQGIIL VYDVTKRETF 101: LNLADIWAKE IELYSTNHDC IKMLVGNKVD RESERKVSRE EGMALAKDLN CLFHECSART RENVNGCFEE LALKIMEVPS LLEEGSSSVK RKPDYRAHQG 201: RCCSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)