AT3G09810.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : isocitrate dehydrogenase VI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a catalytic subunit of the mitochondrially-localized NAD+- dependent isocitrate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isocitrate dehydrogenase VI (IDH-VI); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial (InterPro:IPR004434), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR019818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isocitrate dehydrogenase V (TAIR:AT5G03290.1); Has 17175 Blast hits to 17053 proteins in 2733 species: Archae - 398; Bacteria - 9669; Metazoa - 935; Fungi - 952; Plants - 360; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4861 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3008753..3011070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40578.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMTAFLARR LIGNGSSQIL GTSSSSSGPF ISVSRAFFSS STPIKATLFP GDGIGPEIAE SVKQVFTAAD VVIDWDEQFV GTEVDPRTNS FLTWDNLQSV 101: LKNKVGLKGP MATPIGKGHR SLNLTLRKEL NLYANVRPCY SLPGYKTRYD DVDLITIREN TEGEYSGLEH QVVKGVVESL KIITRKASMR VAEYAFLYAK 201: THGRKKVSAI HKANIMQKTD GLFLQCCDEV AAKYPEIYYE KVVIDNCCMM LVKNPALFDV LVMPNLYGDI ISDLCAGLVG GLGLTPSMNI GEDGIALAEA 301: VHGSAPDIAG MNLANPTALL LSGVMMLRHL KLNKQAEQIH SAIINTIAEG KYRTADLGGS STTTDFTKAI CDHL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)