AT3G09720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP-dependent helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT5G63120.2); Has 47831 Blast hits to 47082 proteins in 3124 species: Archae - 967; Bacteria - 25249; Metazoa - 6167; Fungi - 4801; Plants - 2681; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 7932 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2980483..2983268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60919.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 541 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKSSYFLFG GTNFNKKKFA PDFAKFKNST EDDDSNKKVN FFVEEEEDTE QPEAEKVIVS SKKRKRRSSN SVPVEGFDVF KSSKKARAKG KAEEQITKNE 101: IVENPKKELN RQMERDALSR KQYSIHVSGN NIPPPLKSFA ELSSRYGCEG YILRNLAELG FKEPTPIQRQ AIPILLSGRE CFACAPTGSG KTFAFICPML 201: IKLKRPSTDG IRAVILSPAR ELAAQTAREG KKLIKGSNFH IRLMTKPLVK TADFSKLWCD VLISTPMRLK RAIKAKKIDL SKVEYLVLDE SDKLFEQSLL 301: KQIDCVVKAC SNPSIIRSLF SATLPDSVEE LARSIMHDAV RVIIGRKNTA SETVKQKLVF AGSEEGKLLA LRQSFAESLN PPVLIFVQSK ERAKELYDEL 401: KCENIRAGVI HSDLPPGERE NAVDQFRAGE KWVLIATDVI ARGMDFKGIN CVINYDFPDS ASAYIHRIGR SGRAGRSGEA ITFYTEQDVP FLRNIANTMM 501: SSGCEVPSWI MSLKKKKWRK HRPRRDSIST KPKADKNDTD E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)