AT3G09220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 7 (LAC7); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, lignin catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Laccase/Diphenol oxidase family protein (TAIR:AT5G01050.1); Has 10354 Blast hits to 8703 proteins in 1520 species: Archae - 53; Bacteria - 4205; Metazoa - 505; Fungi - 3603; Plants - 1597; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 391 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2827434..2830477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62406.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 567 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGVRVPIAC ALILLAISSI TSASIVEHTF NVQNLTVSRL CKRQVITVVN GSLPGPTIRV KEGDSLVIHV LNHSPHNITI HWHGIFHKLT VWADGPSMIT 101: QCPIQPGQRY AYRFNITGQE GTLWWHAHAS FLRATVYGAL VIRPKSGHSY PFPKPHKEVP ILFGEWWNTD VVALEEAAIA TGVPPNNSDA YTINGRPGNL 201: YPCSKDRMFS LNVVKGKRYL LRIINAAMNI QLFFKIANHR LTVVAADAVY TAPYVTDVIV IAPGQTIDAL LFADQSVDTS YYMAAHPYAS APAVPFPNTT 301: TRGVIHYGGA SKTGRSKPVL MPKLPSFFDT LTAYRFYSNL TALVNGPHWV PVPRYVDEEM LVTIGLGLEA CADNTTCPKF SASMSNHSFV LPKKLSILEA 401: VFHDVKGIFT ADFPDQPPVK FDYTNPNVTQ TNPGLLFTQK STSAKILKFN TTVEVVLQNH ALIAAESHPM HLHGFNFHVL AQGFGNYDPS RDRSKLNLVD 501: PQSRNTLAVP VGGWAVIRFT ANNPGAWIFH CHIDVHLPFG LGMIFVVKNG PTKSTTLPPP PPDLPKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)