AT3G09180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med27 (InterPro:IPR021627); Has 112 Blast hits to 112 proteins in 38 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 79; Fungi - 0; Plants - 23; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2819278..2821096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44513.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 402 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQTLHQSQLL QNPAEAANNQ SESDAPPKQV AQAMERLNQA ARVIADIRLG ADRILEAMFV ASQPRHTDMP LQLFLREDAS MRQHLQDLRL IGKKLEESGV 101: LTESLRSRSN SWGLHMPLVC PDGAVVAYAW KRQLAGQAGA SAVDRTRLAL KAFTDQKRRF FPHIDDGLKM EPSSKKHRAS HLLLENGREE PVDYKTLPDI 201: QSRLEKLVPS VKVSTYGRLN WLKRANSLPG SGSDDPTEAS KPIFQSSSKL RSGLQTEVVD KIAVIELSFP SLFRAIVSLS PAGSVDPDAV AFFSPDEGGS 301: YLHARGFSVY HVYKHITEHA ATALQYFLGF GTGTALYSLL LWICSFESVF SKPCTKCGRL LAMDKKSALI LPPLHRAYQE LPLALNLDVC EAYHSSCSQD 401: DT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)