AT3G07990.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 27 (SCPL27); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 26 (TAIR:AT2G35780.1); Has 3547 Blast hits to 3487 proteins in 342 species: Archae - 0; Bacteria - 132; Metazoa - 639; Fungi - 851; Plants - 1534; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 391 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2552544..2554644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52143.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 459 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDYSFLLIIL LLTISTSCCA APSSYVEEQL RDRISNLPGQ PSNVDFRQYS GYVTVHEERG RALFYWLVES PLARDPKSRP LVLWLNGGPG CSSVAYGAAE 101: EIGPFRVGSD GKTLHSKLYA WNKLANLLFL ESPAGVGFSY SNTTSDLYTT GDQRTAEDSY IFLVNWFERF PQYKHREFYI VGESYAGHFV PQLSKLVHER 201: NKGFKNPAIN LKGFMVGNAV TDDYHDYIGT FEYWWNHGLI SDSTYHQLKT ACYSVSSQHP SMQCMVALRN AELEQGNIDP YSIFTKPCNS TVALKRFLKG 301: RYPWMSRAYD PCTERYSNVY FNRLDVQKAL HANVTRLSYP WKACSDIVGS YWDDSPLSML PIYKELITAG LKIWVFSGDT DAVVPITATR YSVDALKLAT 401: ITNWYPWYDH GKVGGWSQVY KGLTLVTVAG AGHEVPLHRP RQAFILFRSF LESKPMPMT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)