AT3G07780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF1423) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear PHD finger protein that is functionally redundant with OBE2 and plays an important role in the maintenance and/or establishment of the root and shoot apical meristems. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
OBERON1 (OBE1); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1423, plant (InterPro:IPR004082), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF1423) (TAIR:AT5G48160.2); Has 8996 Blast hits to 6188 proteins in 768 species: Archae - 88; Bacteria - 1159; Metazoa - 3345; Fungi - 619; Plants - 512; Viruses - 79; Other Eukaryotes - 3194 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2485104..2486876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64162.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 566 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTSSGSNLP HQMLPPRQQL QTSLSLVSSD PHLSRSNSGI VRESPAESAS SQETWPTSKS IMGRKTDSGK TGPDSHDQHV IRHVSIADKV SLRDIARERL 101: DIVAERMHRL PEEYLEELKN GLKAILEGNG AQPIDEFMFL QKFVQTRSDL TSKTLVRAHR VQLEVLVVIN TGIQAFLHPN INLSQSSLIE IFVYKRCRNI 201: ACQNELPADG CPCEICANRK GFCNLCMCVI CNKFDFAVNT CRWIGCDVCS HWTHTDCAIR DGEISMGVSP KSVSGMGEML FKCRACNHTS ELLGWVKDVF 301: QHCAPNWDRE SLMKELDFVS RIFRGSEDTR GRKLFWKCEE LMEKIKGGLA EATAAKLILM FFQEIELDSP KSLESGEGGG TIAPQDACNR IAEVVKETLR 401: KMEIVGEEKT RMYKKARMGL EECEREVEEK AKQVAELQME RQKKKQQIEE VERIVRLKQA EAEMFQLKAN EAKVEAERLE RIVKAKKEKT EEEYASNYLK 501: LRLSEAEAEK EYLFEKIKEQ ESGGNGGEAS QAVMYSKIRE MLHGYNASSP RVDPRSNQRN PFRSNP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)