AT3G07360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant U-box 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing a U-box and an ARM domain. This protein has E3 ubiquitin ligase activity based on in vitro assays. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant U-box 9 (PUB9); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT5G18320.1); Has 3234 Blast hits to 3002 proteins in 224 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 312; Fungi - 206; Plants - 2395; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 302 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2354884..2356613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51282.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 460 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKTGVFDSD PTAIAKAKEL KREMKKLLIK IDDEDDLGVQ TIDQLQDALS ALREATMRKM AKSSSLEMLE TVSCPEEFRC PLSNELMRDP VVLASGQTYD 101: KLFIQKWLSS GNRTCPKTQQ VLPHTALTPN LLIREMISKW CKKNGLETKS QYHPNLVNED ETVTRSDREI FNSLLCKVSS SNLQDQKSAA KELRLLTRKG 201: TEFRALFGES PDEITRLVNP LLHGSNPDEK LQEDVVTTLL NISIHDDSNK KLVCENPNVI PLLIDALRRG TVATRSNAAA AIFTLSALDS NKVLIGKSGI 301: LKPLIDLLEE GNPLAIKDVA AAIFTLCIAH ENRSRAVRDG AVRVLGKKIS NGLYVDELLA ILAMLVTHWK AVEELGELGG VSWLLKITRE SECKRNKENA 401: IVILHTICFS DRTKWKEIKE EENAHGTITK LSREGTSRAQ RKANGILDRL RKAMNLTHTA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)