AT3G06350.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : dehydroquinate dehydratase, putative / shikimate dehydrogenase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MATERNAL EFFECT EMBRYO ARREST 32 (MEE32); FUNCTIONS IN: NADP or NADPH binding, 3-dehydroquinate dehydratase activity, shikimate 5-dehydrogenase activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase (InterPro:IPR006151), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Quinate/shikimate 5-dehydrogenase (InterPro:IPR011342), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Dehydroquinase class I (InterPro:IPR001381), Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal (InterPro:IPR013708); Has 14455 Blast hits to 14453 proteins in 2669 species: Archae - 507; Bacteria - 10604; Metazoa - 0; Fungi - 391; Plants - 114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2839 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1924536..1927701 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 65799.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 603 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASSTNARL TNPPRLLSKP RLSPTSVANL RFPAADFSTR FFADSSSPRL RSVPFPVVFS DQRRRRSMEP SNVYVASNST EMEIGSHDIV KNPSLICAPV 101: MADSIDKMVI ETSKAHELGA DLVEIRLDWL KDFNPLEDLK TIIKKSPLPT LFTYRPKWEG GQYEGDENER RDVLRLAMEL GADYIDVELQ VASEFIKSID 201: GKKPGKFKVI VSSHNYQNTP SVEDLDGLVA RIQQTGADIV KIATTAVDIA DVARMFHITS KAQVPTIGLV MGERGLMSRI LCSKFGGYLT FGTLDSSKVS 301: APGQPTIKDL LDLYNFRRIG PDTKVYGIIG KPVSHSKSPI VHNQAFKSVD FNGVYVHLLV DNLVSFLQAY SSSDFAGFSC TIPHKEAALQ CCDEVDPLAK 401: SIGAVNTILR RKSDGKLLGY NTDCIGSISA IEDGLRSSGD PSSVPSSSSP LASKTVVVIG AGGAGKALAY GAKEKGAKVV IANRTYERAL ELAEAIGGKA 501: LSLTDLDNYH PEDGMVLANT TSMGMQPNVE ETPISKDALK HYALVFDAVY TPRITRLLRE AEESGAITVS GSEMFVRQAY EQFEIFTGLP APKELYWQIM 601: SKY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)