AT3G05400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.876 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT5G27350.1); Has 24275 Blast hits to 23828 proteins in 1815 species: Archae - 445; Bacteria - 9241; Metazoa - 4940; Fungi - 6177; Plants - 2315; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1549702..1553942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50605.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 462 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGENNMEKG LLLAKKEDSA NTTPLLIFST FIIVSASFTF GAAIGYTADT MSSIMSDLDL SLAQFSLFGS LSTFGGMIGA IFSAKAASAF GHKMTLWVAD 101: LFCITGWLAI SLAKDIIWLD MGRFLVGIGV GLISYVVPVY IAEITPKHVR GAFTFSNQLL QNCGVAVVYY FGNFLSWRTL AIIGSIPCWI QVIGLFFIPE 201: SPRWLAKKGR DKECEEVLQK LRGRKYDIVP EACEIKISVE ASKKNSNINI RSLFEKRYAH QLTIGIGLML LQQLCGTAGI SSYGSTLFKL AGFPARIGMM 301: VLSLIVVPKS LMGLILVDRW GRRPLLMTSA LGLCLSCITL AVAFGVKDVP GIGKITPIFC FIGILSFTMM FAIGMGALPW IIMSEIFPMD IKVLAGSLVT 401: IANWFTGWIA NYAFNFMLVW SPSGTFIISA IICGATIVFT WCLVPETRRL TLEEIQLSFV NV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)