AT3G05200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative RING-H2 zinc finger protein ATL6 (ATL6). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATL6; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to chitin; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: carbon/nitrogen insensitive 1 (TAIR:AT5G27420.1); Has 9947 Blast hits to 9919 proteins in 286 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2610; Fungi - 790; Plants - 5036; Viruses - 50; Other Eukaryotes - 1461 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1477377..1478573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43276.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 398 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSSDHMAFA GVLPIVFLLI LSSADLAASQ SQPGPTNQPY NYGRLSPAMA VIVVILIAAL FFMGFFSIYF RHCSGVPDAG VSPAGGARSR ATVNAAARGL 101: DVSVVETFPT FLYSDVKTQK LGKGELECAI CLNEFEDDET LRLLPKCDHV FHPHCIDAWL EAHVTCPVCR ANLAEQVAEG ESVEPGGTEP DLELQQVVVN 201: PEPVVTAPVP EQLVTSEVDS RRLPGVPVDL KRVKFSRSHT TGHSVVQPGE CTERFTLRLP EDVRKRIMKD WKLNRTNSLL VLPRGGSSRR GKPIDRSRAR 301: SDRWLFRKTP SFLWRSRDDG SIRLGATGSV RASAVPNSTG SDSVRAGDRW AFLRNASFLW RNSSVHVPRG GVNKDGEGTS VKSTGASGST SGSVRLPV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)