AT3G04610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding KH domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
flowering locus KH domain (FLK); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: positive regulation of flower development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology, type 1, subgroup (InterPro:IPR018111), K Homology (InterPro:IPR004087), K Homology, type 1 (InterPro:IPR004088); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding KH domain-containing protein (TAIR:AT4G26000.1); Has 8156 Blast hits to 5360 proteins in 381 species: Archae - 0; Bacteria - 269; Metazoa - 3587; Fungi - 776; Plants - 1209; Viruses - 216; Other Eukaryotes - 2099 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1250762..1254272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63407.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEAEDQQNF VAHNGDQVPD QGSDELHNGL PYQVHDETLV HQPYEVEDPI LEPQQYEVPD PTLEPQQYEV PDQTLEPQQY EVDDQLEYHQ YQLQDQANED 101: VQDHSQDDLQ YQPQNQEQFQ LQDEAHDQAQ YQAQGDVQDH NGDEVQDKVE DEEGIPEHLE SLQKSEPEED ATVGGEEKRW PGWPGETVFR MLVPAQKVGS 201: IIGRKGDVIK KIVEETRARI KILDGPPGTT ERAVMVSGKE EPESSLPPSM DGLLRVHMRI VDGLDGEASQ APPPSKVSTR LLVPASQAGS LIGKQGGTVK 301: AIQEASACIV RVLGSEDLPV FALQDDRVVE VVGEPTSVHR ALELIASHLR KFLVDRSIIP FFENQMQKPT RQMDHMPPPH QSWGPPQGHA PSVGGGGYGH 401: NPPPYMQPPP RHDSYYPPPE MRQPPMEKQP HQGISAYGRE PPMNVHVSSA PPMVAQQVTQ QMQIPLSYAD AVIGTSGSNI SYTRRLSGAT VTIQETRGVP 501: GEMTVEVSGT GSQVQTAVQL IQNFMAEAGA PAPAQPQTVA PEQQGYNPYA THGSVYAAAP TNPPGGYATD YSSGYGY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)