AT3G04520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.872 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : threonine aldolase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a threonine aldolase, involved in threonine degradation to glycine. Expressed in vascular tissue through out the plant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
threonine aldolase 2 (THA2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase (InterPro:IPR001597), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (InterPro:IPR015422); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: threonine aldolase 1 (TAIR:AT1G08630.4); Has 4083 Blast hits to 4076 proteins in 1195 species: Archae - 22; Bacteria - 2430; Metazoa - 91; Fungi - 241; Plants - 97; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1202 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1217397..1219571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38254.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 355 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTPTTIRTV DLRSDTVTKP TESMRSAMAN AEVDDDVLGN DPTALRLEKE VAEIAGKEAA MFVPSGTMGN LISVLVHCDE RGSEVILGDD SHIHIYENGG 101: VSSLGGVHPR TVKNEEDGTM EIGAIEAAVR SPKGDLHHPV TKLICLENTQ ANCGGRCLPI EYIDKVGELA KKHGLKLHID GARIFNASVA LGVPVKRIVQ 201: AADSVSICLS KGIGAPVGSV IVGSKKFITK ARWLRKTLGG GMRQIGVLCA AALVALHENV AKLEDDHKKA RVLAEGLNRI ERLRVNVAAV ETNIIYVDIP 301: EDPKFGAEEA CKSLEDVGVL VIPQATFRIR IVLHHQISDV DVEYVLSCFE KIFHS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)