AT3G04460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxin-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RING finger protein involved in peroxisome biogenesis. Also involved in peroxisomal import of nitric oxide synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxin-12 (PEX12); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: protein import into peroxisome matrix, fatty acid beta-oxidation, peroxisome organization, embryonic morphogenesis; LOCATED IN: peroxisomal membrane, peroxisome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Pex, N-terminal (InterPro:IPR006845), Peroxisome assembly, p12 (InterPro:IPR017375); Has 364 Blast hits to 340 proteins in 170 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 139; Fungi - 134; Plants - 57; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 34 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1186641..1189094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44402.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLFQVGGEGT RPTFFEMAAA QQLPASLRAA LTYSLGVFAL RRSFLHKILD YEDEFFAALM LILEGHSLRT TDGSFAESLY GLRRKSARLR LRKDSARKDS 101: SEEVQHSGLE KRQRILSVVF LVVLPYFKSK LHAIYNKERE ARLRESLWGA EDQGFDEADF FTGDDSIVSR EPSGNEELSV RVQLATKIKK FIAVCYPWIH 201: ASSEGLSFTY QLLYLLDATG FYSLGLQALG IQVCRATGQE LMDTSSRISK IRNHERERLR GPPWLKTVQG ALLSCSYAVL DYAQTGLIAA VFIFKMMEWW 301: YQSAEERLSA PTVYPPPPPP PAPKMAKEGI PLPPDRSLCA LCLQKRANPS VVTVSGFVFC YSCVFKYVSK YKRCPVTLIP ASVDQIRRLF QDT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)