AT3G04370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plasmodesmata-located protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a plasmodesmal protein that may be involved in the intercellular movement of molecules through the plasmodesmata. The protein has two DUF26 domains and a single transmembrane domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plasmodesmata-located protein 4 (PDLP4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plasmodesmata-located protein 3 (TAIR:AT2G33330.1); Has 317 Blast hits to 313 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 317; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1159430..1160959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35266.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 319 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVHLISLLT QTLALIILSL PSIINTSQLD YDTLVFKQCD PLDANILQKA TTKSPNYSNQ NLFLRAQALS SFLRKLESES SRSKFLKTLV GNEKHAVSGW 101: FQCREDYPSE ICHKCVGDLR EISSRSCGNA TSARIHLRGC HLIYKFERID TPGAQVNNHH KYKLFETPEH GLIHKICDGA TAETFPGFEE MRTEALTAAE 201: TGVVDGHGFY EDSYKLLHVV AQCDGHVEAC DCGECISSAA AAAAEECRWS IAGQIYLEGC HVGYTYHPHE LPNDSYHEEG SKVNTGKSLA IVVGGVAALV 301: FVAIFFMFLK SLRKKGDDC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)