AT3G02780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isopentenyl pyrophosphate:dimethylallyl pyrophosphate isomerase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with isopentenyl diphosphate:dimethylallyl diphosphate isomerase activity. There is genetic evidence that it functions in the mevalonate, but not the MEP biosynthetic pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopentenyl pyrophosphate:dimethylallyl pyrophosphate isomerase 2 (IPP2); FUNCTIONS IN: isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity; INVOLVED IN: chlorophyll biosynthetic process, flower development, isoprenoid biosynthetic process; LOCATED IN: cytosol, mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086), Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1 (InterPro:IPR011876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopentenyl diphosphate isomerase 1 (TAIR:AT5G16440.1); Has 2187 Blast hits to 2186 proteins in 784 species: Archae - 35; Bacteria - 1163; Metazoa - 210; Fungi - 137; Plants - 180; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 462 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:602578..604648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32609.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSASSLFNLP LIRLRSLALS SSFSSFRFAH RPLSSISPRK LPNFRAFSGT AMTDTKDAGM DAVQRRLMFE DECILVDETD RVVGHDSKYN CHLMENIEAK 101: NLLHRAFSVF LFNSKYELLL QQRSNTKVTF PLVWTNTCCS HPLYRESELI QDNALGVRNA AQRKLLDELG IVAEDVPVDE FTPLGRMLYK APSDGKWGEH 201: ELDYLLFIVR DVKVQPNPDE VAEIKYVSRE ELKELVKKAD AGEEGLKLSP WFRLVVDNFL MKWWDHVEKG TLVEAIDMKT IHKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)