AT3G02660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib, bacterial/mitochondrial | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 2768 (emb2768); FUNCTIONS IN: RNA binding, tyrosine-tRNA ligase activity, aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Tyrosyl-tRNA synthetase, class Ib, bacterial/mitochondrial (InterPro:IPR002307), RNA-binding S4 (InterPro:IPR002942), Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ib (InterPro:IPR002305); Has 9022 Blast hits to 9013 proteins in 2715 species: Archae - 16; Bacteria - 5542; Metazoa - 116; Fungi - 145; Plants - 38; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3165 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:570221..571756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56622.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 511 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAYATGITFA SRSILPICSR TFLSPLRVAS LLVFPEKSSA TFFRRVQVPH LFSTSTTTLF SSVKCSIHST SSPETENQAV FRPNVVDILE ERGLLESITS 101: ENLRSACSDP KVAPLRVYCG FDPTAESLHL GNLLGIIVLS WFQRCGHQAV GLIGGATGRV GDPSGKSLER PELDADTLEK NIAGITKIII KILGSNPSPG 201: GSYVIFNNYD WWKDMTMLDF LNKVGRFARV GTMMAKESVK KRLESEQGMS YTEFTYQLLQ AYDFLHLFKN EGINVQIGGS DQWGNITAGT DLIRKILQAE 301: EAAYGLTFPL LLKNDGTKFG KSEDGAIWLS PSMLSPYKFY QYFFSVPDVD VIRFLKTLTF LSLDEIKILE DQMSKPGYVP NTAQIKLAEE VTRFVHGEEG 401: LKEAIKATEA LRPGAETKLD WNLIERIAED IPSCSLPIDR VSGLSIVDLS VSAGLFESKS AARRMLKQGG FYMNNERVDD ENKRVDEEDI VEGRGLVLSA 501: GKKNKVVVRI S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)