AT3G02530.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP-1/cpn60 chaperonin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TCP-1/cpn60 chaperonin family protein; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to zinc ion; LOCATED IN: membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperonin Cpn60/TCP-1 (InterPro:IPR002423), Chaperone, tailless complex polypeptide 1 (InterPro:IPR017998), T-complex protein 1, zeta subunit (InterPro:IPR012722), Chaperonin TCP-1, conserved site (InterPro:IPR002194); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP-1/cpn60 chaperonin family protein (TAIR:AT5G16070.1); Has 18475 Blast hits to 17833 proteins in 3650 species: Archae - 805; Bacteria - 8777; Metazoa - 2106; Fungi - 1471; Plants - 861; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4455 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:528806..532457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58953.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 535 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVRVLNPNA EVLNKSAALH MTINAAKGLQ DVLKSNLGPK GTIKMLVGGS GDIKLTKDGN TLLKEMQIQN PTAIMIARTA VAQDDISGDG TTSTVIFIGE 101: LMKQSERCID EGMHPRVLVD GFEIAKRATL QFLDTFKTPV VMGDEPDKEI LKMVARTTLR TKLYEGLADQ LTDIVVNSVL CIRKPQEPID LFMVEIMHMR 201: HKFDVDTRLV EGLVLDHGSR HPDMKRRAEN CHILTCNVSL EYEKSEINAG FFYSNAEQRE AMVTAERRSV DERVQKIIEL KNKVCAGNDN SFVILNQKGI 301: DPPSLDLLAR EGIIALRRAK RRNMERLVLA CGGEAVNSVD DLTPDCLGWA GLVYEHVLGE EKYTFVEQVK NPHSCTILIK GPNDHTIAQI KDAVRDGLRS 401: VKNTLEDECV VLGAGAFEVA ARQHLINEVK KTVQGRAQLG VEAFANALLV VPKTLAENAG LDTQDVIISL TSEHDKGNIV GLDLQDGEPV DPQLAGIFDN 501: YSVKRQLINS GPVIASQLLL VDEVIRAGRN MRKPT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)