AT3G01790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L13 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L13 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: ribosome, intracellular, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L13, bacterial-type (InterPro:IPR005823), Ribosomal protein L13 (InterPro:IPR005822); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L13 family protein (TAIR:AT1G78630.1); Has 7701 Blast hits to 7701 proteins in 2675 species: Archae - 7; Bacteria - 5222; Metazoa - 123; Fungi - 136; Plants - 125; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2088 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:283880..285583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23381.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 205 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATQAAAAAS FKGNLKKAVA GIKRINLDGL RWRVFDARGQ VLGRLASQIS TVLQAKDKPT YCPNRDDGDI CIVLNAKEIG FTGRKLTDKF YRWHTGYIGH 101: LKERSLKDQM AKDPTEVIRK AVWRMLPSNN LRDDRDRKLR IFEGGEHPFG DKPLEPFVMP PRRVREMRPR ARRAMIRAQK KAEQAENEGT EVKKGKKRTL 201: SEVPA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)