AT3G01480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclophilin 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast cyclophilin functioning in the assembly and maintenance of photosystem II (PSII) supercomplexes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclophilin 38 (CYP38); FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: protein folding, photosystem II assembly, photosystem II stabilization, defense response to bacterium; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein (TAIR:AT3G15520.1); Has 2157 Blast hits to 2154 proteins in 676 species: Archae - 40; Bacteria - 1435; Metazoa - 59; Fungi - 19; Plants - 86; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 518 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:188569..190674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47984.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAAFASLPT FSVVNSSRFP RRRIGFSCSK KPLEVRCSSG NTRYTKQRGA FTSLKECAIS LALSVGLMVS VPSIALPPNA HAVANPVIPD VSVLISGPPI 101: KDPEALLRYA LPIDNKAIRE VQKPLEDITD SLKIAGVKAL DSVERNVRQA SRTLQQGKSI IVAGFAESKK DHGNEMIEKL EAGMQDMLKI VEDRKRDAVA 201: PKQKEILKYV GGIEEDMVDG FPYEVPEEYR NMPLLKGRAS VDMKVKIKDN PNIEDCVFRI VLDGYNAPVT AGNFVDLVER HFYDGMEIQR SDGFVVQTGD 301: PEGPAEGFID PSTEKTRTVP LEIMVTGEKT PFYGSTLEEL GLYKAQVVIP FNAFGTMAMA REEFENDSGS SQVFWLLKES ELTPSNSNIL DGRYAVFGYV 401: TDNEDFLADL KVGDVIESIQ VVSGLENLAN PSYKIAG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)