AT2G47940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEGP protease 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes DegP2 protease (DEGP2); nuclear gene for chloroplast product. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEGP protease 2 (DEGP2); FUNCTIONS IN: serine-type peptidase activity, serine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: photosystem II repair, proteolysis; LOCATED IN: chloroplast stromal thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Serine/cysteine peptidase, trypsin-like (InterPro:IPR009003), Serine endopeptidase DegP2 (InterPro:IPR015724), Peptidase S1C, HrtA/DegP2/Q/S (InterPro:IPR001940), Peptidase S1/S6, chymotrypsin/Hap (InterPro:IPR001254), PDZ/DHR/GLGF (InterPro:IPR001478); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DegP protease 9 (TAIR:AT5G40200.1); Has 15046 Blast hits to 15035 proteins in 2533 species: Archae - 101; Bacteria - 10614; Metazoa - 317; Fungi - 14; Plants - 376; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3624 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19618372..19622164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66805.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 607 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASVANCCF SVLNASVKIQ SSSISSPWCF VSASSLTPRA SSNIKRKSSR SDSPSPILNP EKNYPGRVRD ESSNPPQKMA FKAFGSPKKE KKESLSDFSR 101: DQQTDPAKIH DASFLNAVVK VYCTHTAPDY SLPWQKQRQF TSTGSAFMIG DGKLLTNAHC VEHDTQVKVK RRGDDRKYVA KVLVRGVDCD IALLSVESED 201: FWKGAEPLRL GHLPRLQDSV TVVGYPLGGD TISVTKGVVS RIEVTSYAHG SSDLLGIQID AAINPGNSGG PAFNDQGECI GVAFQVYRSE ETENIGYVIP 301: TTVVSHFLTD YERNGKYTGY PCLGVLLQKL ENPALRECLK VPTNEGVLVR RVEPTSDASK VLKEGDVIVS FDDLHVGCEG TVPFRSSERI AFRYLISQKF 401: AGDIAEIGII RAGEHKKVQV VLRPRVHLVP YHIDGGQPSY IIVAGLVFTP LSEPLIEEEC EDTIGLKLLT KARYSVARFR GEQIVILSQV LANEVNIGYE 501: DMNNQQVLKF NGIPIRNIHH LAHLIDMCKD KYLVFEFEDN YVAVLEREAS NSASLCILKD YGIPSERSAD LLEPYVDPID DTQALDQGIG DSPVSNLEIG 601: FDGLVWA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)