AT2G47770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.500 golgi 0.500 ASURE: endoplasmic reticulum,golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TSPO(outer membrane tryptophan-rich sensory protein)-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a membrane-bound protein designated AtTSPO (Arabidopsis thaliana TSPO-related). AtTSPO is related to the bacterial outer membrane tryptophan-rich sensory protein (TspO) and the mammalian mitochondrial 18 kDa Translocator Protein (18 kDa TSPO), members of the TspO/MBR domain-containing membrane proteins. Mainly detected in dry seeds, but can be induced in vegetative tissues by osmotic or salt stress or abscisic acid treatment. Located in endoplasmic reticulum and the Golgi stacks. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TSPO(outer membrane tryptophan-rich sensory protein)-related (TSPO); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TspO/MBR-related protein (InterPro:IPR004307); Has 567 Blast hits to 567 proteins in 188 species: Archae - 24; Bacteria - 226; Metazoa - 151; Fungi - 6; Plants - 53; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 107 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19568701..19569291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21063.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 196 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSQDIRYRG GDDRDAATTA MAETERKSAD DNKGKRDQKR AMAKRGLKSL TVAVAAPVLV TLFATYFLGT SDGYGNRAKS SSWIPPLWLL HTTCLASSGL 101: MGLAAWLVWV DGGFHKKPNA LYLYLAQFLL CLVWDPVTFR VGSGVAGLAV WLGQSAALFG CYKAFNEISP VAGNLVKPCL AWAAFVAAVN VKLAVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)