AT2G47510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fumarase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a mitochondrial-localized protein. The FUM1 gene appears to be essential, suggesting that FUM1 may play a crucial role as a fumarase in the tricarboxylic acid cycle. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fumarase 1 (FUM1); FUNCTIONS IN: fumarate hydratase activity, protein binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to salt stress, pollen tube development; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fumarate hydratase, class II (InterPro:IPR005677), L-Aspartase-like (InterPro:IPR008948), Fumarate lyase, conserved site (InterPro:IPR020557), Lyase 1, N-terminal (InterPro:IPR022761), Fumarase C, C-terminal (InterPro:IPR018951), Fumarate lyase (InterPro:IPR000362); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FUMARASE 2 (TAIR:AT5G50950.2); Has 19736 Blast hits to 19727 proteins in 2822 species: Archae - 389; Bacteria - 12991; Metazoa - 306; Fungi - 295; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5649 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19498614..19502020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53002.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 492 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIYVASRRL SGGTTVTALR YATSLRSYST SFREERDTFG PIQVPSDKLW GAQTQRSLQN FEIGGERERM PEPIVRAFGV LKKCAAKVNM EYGLDPTIGK 101: AIMQAAQEVA EGKLNDHFPL VVWQTGSGTQ SNMNANEVIA NRAAEILGRK RGEKCVHPND HVNRSQSSND TFPTVMHIAA ATEINSRLIP SLKTLHSTLE 201: SKSFEFKDIV KIGRTHTQDA TPLTLGQEFG GYATQVKYGL NRVTCTLPRL YQLAQGGTAV GTGLNTKKGF DVKIAAAVAE ETNLPFVTAE NKFEALAAHD 301: ACVETSGSLN TIATSLMKIA NDIRFLGSGP RCGLGELVLP ENEPGSSIMP GKVNPTQCEA LTMVCAQVMG NHVAVTVGGS NGHFELNVFK PVIASALLHS 401: VRLIADASAS FEKNCVRGIE ANRERISKLL HESLMLVTSL NPKIGYDNAA AVAKKAHKEG CTLKEAALNL GVLTAEEFDT LVVPEKMIGP SD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)