AT2G47170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ras-related small GTP-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Gene encoding ADP-ribosylation factor and similar to other ARFs and ARF-like proteins. Members of this family are known to be essential for vesicle coating and uncoating and functions in GTP-binding. The gene is shown to play a role in cell division, cell expansion and cellulose production using antisense construct. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ARF1A1C; FUNCTIONS IN: phospholipase activator activity, GTP binding; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: Golgi-associated vesicle; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ADP-ribosylation factor (InterPro:IPR006688), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), ARF/SAR superfamily (InterPro:IPR006689); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ADP-ribosylation factor A1F (TAIR:AT1G10630.1); Has 15041 Blast hits to 15022 proteins in 509 species: Archae - 14; Bacteria - 51; Metazoa - 7725; Fungi - 1942; Plants - 2032; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 3274 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19367264..19368518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20609.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 181 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLSFGKLFS RLFAKKEMRI LMVGLDAAGK TTILYKLKLG EIVTTIPTIG FNVETVEYKN ISFTVWDVGG QDKIRPLWRH YFQNTQGLIF VVDSNDRDRV 101: VEARDELHRM LNEDELRDAV LLVFANKQDL PNAMNAAEIT DKLGLHSLRQ RHWYIQSTCA TSGEGLYEGL DWLSNNIASK A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)