AT2G47110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:cytosol 0.853 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
polyubiquitin gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin 6 (UBQ6); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: protein ubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, intracellular; EXPRESSED IN: whole plant, male gametophyte, guard cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ribosomal protein S27a (InterPro:IPR002906), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin 5 (TAIR:AT3G62250.1); Has 12701 Blast hits to 7389 proteins in 781 species: Archae - 108; Bacteria - 19; Metazoa - 5539; Fungi - 1408; Plants - 3106; Viruses - 188; Other Eukaryotes - 2333 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19344701..19345174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17812.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 157 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGAKKR KKKTYTKPKK IKHKHKKVKL 101: AVLQFYKVDG SGKVQRLRKE CPNATCGAGT FMASHFDRHY CGKCGLTYVY QKEGAQE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)