AT2G46410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Nuclear-localized R3-type MYB transcription factor. Positive regulator of hair-cell differentiation. Preferentially transcribed in hairless cells. Moves from atrichoblasts into trichoblast via plasmodesmata in a tissue-specific mode. N-terminus and part of the Myb domain are required for this movement, with W76 playing a crucial role. Capability to increase the size-exclusion limit of plasmodesmata. Regulated by WEREWOLF. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CAPRICE (CPC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), MYB-like (InterPro:IPR017877), Myb transcription factor (InterPro:IPR015495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT5G53200.1); Has 2615 Blast hits to 2615 proteins in 179 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2602; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 13 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19049315..19050185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11385.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 94 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MFRSDKAEKM DKRRRRQSKA KASCSEEVSS IEWEAVKMSE EEEDLISRMY KLVGDRWELI AGRIPGRTPE EIERYWLMKH GVVFANRRRD FFRK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)