AT2G46310.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cytokinin response factor 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
CRF5 encodes one of the six cytokinin response factors. It is transcriptionally upregulated in response to cytokinin. CRF5 belongs to the AP2/ERF superfamily of the transcriptional factors. CRF proteins rapidly relocalize to the nucleus in response to cytokinin. Analysis of loos-of-function mutants revealed that the CRFs function redundantly to regulate the development of embryos, cotyledons and leaves. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytokinin response factor 5 (CRF5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytokinin response factor 6 (TAIR:AT3G61630.1); Has 5622 Blast hits to 5574 proteins in 244 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 5609; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:19011614..19012498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33157.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 294 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSRVRKSKY TVHRKITSTP FDGFPKIVKI IVTDPCATDS SSDEENDNKS VAPRVKRYVD EIRFCDEDDE PKPARKAKKK SPAAAAENGG DLVKSVVKYR 101: GVRQRPWGKF AAEIRDPSSR TRLWLGTFAT AEEAAIGYDR AAIRIKGHNA QTNFLTPPPS PTTEVLPETP VIDLETVSGC DSARESQISL CSPTSVLRFS 201: HNDETEYRTE PTEEQNPFFL PDLFRSGDYF WDSEITPDPL FLDEFHQSLL PNINNNNTVC DKDTNLSDSF PLGVIGDFSS WDVDEFFQDH LLDK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)