AT2G45770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : signal recognition particle receptor protein, chloroplast (FTSY) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
chloroplast SRP receptor homolog, alpha subunit CPFTSY. Required for LHCP integration into isolated thylakoids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CPFTSY; FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, GTP binding, nucleotide binding; INVOLVED IN: protein import into chloroplast thylakoid membrane, protein targeting, thylakoid membrane organization, photosynthetic electron transport in photosystem II; LOCATED IN: chloroplast, signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting, chloroplast thylakoid; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), Signal recognition particle, SRP54 subunit, helical bundle (InterPro:IPR013822), Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase (InterPro:IPR000897), Cell division transporter substrate-binding protein FtsY (InterPro:IPR004390); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast signal recognition particle 54 kDa subunit (TAIR:AT5G03940.1); Has 16847 Blast hits to 16846 proteins in 2926 species: Archae - 468; Bacteria - 10588; Metazoa - 346; Fungi - 290; Plants - 258; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 4896 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18851248..18853402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39681.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 366 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSSAHLSF LAGRISPFSS ERIGLFPLRG EFRPRMTRFR CSAGPSGFFT RLGRLIKEKA KSDVEKVFSG FSKTRENLAV IDELLLFWNL AETDRVLDEL 101: EEALLVSDFG PKITVRIVER LREDIMSGKL KSGSEIKDAL KESVLEMLAK KNSKTELQLG FRKPAVIMIV GVNGGGKTTS LGKLAHRLKN EGTKVLMAAG 201: DTFRAAASDQ LEIWAERTGC EIVVAEGDKA KAATVLSKAV KRGKEEGYDV VLCDTSGRLH TNYSLMEELI ACKKAVGKIV SGAPNEILLV LDGNTGLNML 301: PQAREFNEVV GITGLILTKL DGSARGGCVV SVVEELGIPV KFIGVGEAVE DLQPFDPEAF VNAIFS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)