AT2G45740.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxin 11D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of the peroxin11 (PEX11) gene family, integral to peroxisome membrane, controls peroxisome proliferation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxin 11D (PEX11D); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: peroxisome fission, peroxisome organization; LOCATED IN: mitochondrion, peroxisomal membrane, peroxisome, chloroplast, integral to peroxisomal membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peroxisomal biogenesis factor 11 (InterPro:IPR008733); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxin 11E (TAIR:AT3G61070.3); Has 286 Blast hits to 286 proteins in 81 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 53; Fungi - 35; Plants - 176; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 22 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18839865..18841102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25945.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 236 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTTLDVSRA ELALVVMYLN KAEARDKLCR AIQYGSKFLS GGQPGTAQNV DKSTSLARKV FRLFKFVNDL HGLISPVPKG TPLPLVLLGK SKNALLSTFL 101: FLDQIVWLGR SGIYKNKERA ELLGRISLFC WMGSSVCTTL VEVGEMGRLS SSMKKIEKGL KNGNKYQDED YRAKLKKSNE RSLALIKSAM DIVVAAGLLQ 201: LAPTKITPRV TGAFGFITSI ISCYQLLPTR PKIKTP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)