AT2G45670.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.786 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : calcineurin B subunit-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calcineurin B subunit-related; FUNCTIONS IN: calcium ion binding, acyltransferase activity; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), Phospholipid/glycerol acyltransferase (InterPro:IPR002123), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phospholipid/glycerol acyltransferase family protein (TAIR:AT1G80950.1); Has 3507 Blast hits to 3479 proteins in 687 species: Archae - 0; Bacteria - 746; Metazoa - 1091; Fungi - 201; Plants - 987; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 482 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18815070..18818382 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61024.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 539 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADPDLSSPL IHHQSSDQPE VVISIADDDD DESGLNLLPA VVDPRVSRGF EFDHLNPYGF LSESEPPVLG PTTVDPFRNN TPGVSGLYEA IKLVICLPIA 101: LIRLVLFAAS LAVGYLATKL ALAGWKDKEN PMPLWRCRIM WITRICTRCI LFSFGYQWIR RKGKPARREI APIVVSNHVS YIEPIFYFYE LSPTIVASES 201: HDSLPFVGTI IRAMQVIYVN RFSQTSRKNA VHEIKRKASC DRFPRLLLFP EGTTTNGKVL ISFQLGAFIP GYPIQPVVVR YPHVHFDQSW GNISLLTLMF 301: RMFTQFHNFM EVEYLPVIYP SEKQKQNAVR LSQKTSHAIA TSLNVVQTSH SFADLMLLNK ATELKLENPS NYMVEMARVE SLFHVSSLEA TRFLDTFVSM 401: IPDSSGRVRL HDFLRGLKLK PCPLSKRIFE FIDVEKVGSI TFKQFLFASG HVLTQPLFKQ TCELAFSHCD ADGDGYITIQ ELGEALKNTI PNLNKDEIRG 501: MYHLLDDDQD QRISQNDLLS CLRRNPLLIA IFAPDLAPT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)