AT2G45160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GRAS family transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HAIRY MERISTEM 1 (HAM1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRAS family transcription factor (TAIR:AT3G60630.1); Has 2292 Blast hits to 2267 proteins in 299 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 2284; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18618110..18620032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70209.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 640 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPLSFERFQG EGVFGLSSSS FYSDSQKIWS NQDKTEAKQE DLGYVVGGFL PEPTSVLDAL RSPSPLASYS STTTTLSSSH GGGGTTVTNT TVTAGDDNNN 101: NKCSQMGLDD LDGVLSASSP GQEQSILRLI MDPGSAFGVF DPGFGFGSGS GPVSAPVSDN SNLLCNFPFQ EITNPAEALI NPSNHCLFYN PPLSPPAKRF 201: NSGSLHQPVF PLSDPDPGHD PVRRQHQFQF PFYHNNQQQQ FPSSSSSTAV AMVPVPSPGM AGDDQSVIIE QLFNAAELIG TTGNNNGDHT VLAQGILARL 301: NHHLNTSSNH KSPFQRAASH IAEALLSLIH NESSPPLITP ENLILRIAAY RSFSETSPFL QFVNFTANQS ILESCNESGF DRIHIIDFDV GYGGQWSSLM 401: QELASGVGGR RRNRASSLKL TVFAPPPSTV SDEFELRFTE ENLKTFAGEV KIPFEIELLS VELLLNPAYW PLSLRSSEKE AIAVNLPVNS VASGYLPLIL 501: RFLKQLSPNI VVCSDRGCDR NDAPFPNAVI HSLQYHTSLL ESLDANQNQD DSSIERFWVQ PSIEKLLMKR HRWIERSPPW RILFTQCGFS PASLSQMAEA 601: QAECLLQRNP VRGFHVEKRQ SSLVMCWQRK ELVTVSAWKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)