AT2G44050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / lumazine synthase / riboflavin synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / DMRL synthase / lumazine synthase / riboflavin synthase [Arabidopsis thaliana]. Acts in the jasmonic acid signaling pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
COI1 SUPPRESSOR1 (COS1); FUNCTIONS IN: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity; INVOLVED IN: riboflavin biosynthetic process, jasmonic acid mediated signaling pathway; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase (InterPro:IPR002180), 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase, chloroplast (InterPro:IPR017420); Has 7351 Blast hits to 7351 proteins in 2325 species: Archae - 190; Bacteria - 4938; Metazoa - 2; Fungi - 209; Plants - 81; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1931 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18224304..18225917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24025.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 227 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSLASPPCL RLIPTAHRQL NSRQSSSACY IHGGSSVNKS NNLSFSSSTS GFASPLAVEK ELRSSFVQTA AVRHVTGSLI RGEGLRFAIV VARFNEVVTK 101: LLLEGAIETF KKYSVREEDI EVIWVPGSFE IGVVAQNLGK SGKFHAVLCI GAVIRGDTTH YDAVANSAAS GVLSASINSG VPCIFGVLTC EDMDQALNRS 201: GGKAGNKGAE TALTALEMAS LFEHHLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)