AT2G43420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.734 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein; FUNCTIONS IN: binding, 3-beta-hydroxy-delta5-steroid dehydrogenase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: steroid biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Reticulon (InterPro:IPR003388), 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase (InterPro:IPR002225), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3beta-hydroxysteroid-dehydrogenase/decarboxylase isoform 2 (TAIR:AT2G26260.1); Has 10307 Blast hits to 10296 proteins in 2122 species: Archae - 301; Bacteria - 6803; Metazoa - 545; Fungi - 280; Plants - 752; Viruses - 81; Other Eukaryotes - 1545 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18031493..18034936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63036.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 561 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDEDSVHGDS HLKTCVVLGG RGFIGRSLVS RLLRLGNWTV RVADSGHTLH LDESDSLLED ALSSGRASYH CVDVRDKPQI VKVTEGSYVV FYMGATDLRS 101: HDYFDCYKVI VQGTRNVISA CRESGVRKLI YNSTADVVFD GSQPIRDGDE SLRRPLKFQS MLTDFKAQAE ALIKLANNRD GLLTCALRSS IVFGPGDTEF 201: VPFLVNLAKS GYAKFILGSG ENISDFTYSE NVSHAHICAV KALDSQMEFV AGKEFFITNL KPVRFWDFVS HIVEGLGYPR PSIKLPVRLV LYVFSLLKWT 301: HEKEGLGSNY DTAHQYALLA SSTRTFNCNA AKKHLGYTPV VTLEDGIAST LQWFSRDLEK SDDTIIQSTA DQLLGCGKVA DILLWRNEKK TFVSFLVLNL 401: FYYWFFFSGN TFTSSAAQLL FIFAVALYGV SFVPSKIFGF QVNKIPPWRF EISESAVRDL SSDIVVVWNQ GVRSFKSLSS GGDWIKFFKI AGSLYLLKLI 501: VSRSLAAFLF TVMSFSFTGF FIYEQYELEL YHLARIFVEC LTFIKRMVIP VSDASSKPMF M |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)