AT2G42920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT5G48910.1); Has 37919 Blast hits to 14277 proteins in 266 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 156; Fungi - 107; Plants - 36994; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 646 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17858705..17860384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62659.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 559 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSPTILSFSG VTVPAMPSSG SLSGNTYLRL IDTQCSTMRE LKQIHASLIK TGLISDTVTA SRVLAFCCAS PSDMNYAYLV FTRINHKNPF VWNTIIRGFS 101: RSSFPEMAIS IFIDMLCSSP SVKPQRLTYP SVFKAYGRLG QARDGRQLHG MVIKEGLEDD SFIRNTMLHM YVTCGCLIEA WRIFLGMIGF DVVAWNSMIM 201: GFAKCGLIDQ AQNLFDEMPQ RNGVSWNSMI SGFVRNGRFK DALDMFREMQ EKDVKPDGFT MVSLLNACAY LGASEQGRWI HEYIVRNRFE LNSIVVTALI 301: DMYCKCGCIE EGLNVFECAP KKQLSCWNSM ILGLANNGFE ERAMDLFSEL ERSGLEPDSV SFIGVLTACA HSGEVHRADE FFRLMKEKYM IEPSIKHYTL 401: MVNVLGGAGL LEEAEALIKN MPVEEDTVIW SSLLSACRKI GNVEMAKRAA KCLKKLDPDE TCGYVLLSNA YASYGLFEEA VEQRLLMKER QMEKEVGCSS 501: IEVDFEVHEF ISCGGTHPKS AEIYSLLDIL NWDVSTIKSG FAELFDATTR IGFTYLAEK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)