AT2G42720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.846 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FBD, F-box, Skp2-like and Leucine Rich Repeat domains containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FBD, F-box, Skp2-like and Leucine Rich Repeat domains containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT2G42730.2); Has 1980 Blast hits to 1943 proteins in 27 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 1978; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17785653..17787211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50734.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 443 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDRISSLPDE ILEHILSFLS TKEAALTSSL STRWKNVFVF VPSLHLDYAR QHENPREFID FVDFVNTLFN RKGNSPIKKL ALKIHLKDNQ SLQNQTHVQS 101: WIHRVLSRGG VTDLDLFITF KGKFQLVPLL IFKSNTLVKL RLGRGFTIKL CHENVYLPML KTLCLDTVDF DGDHNVFETL LPRCPLLEEL VLEDQRWKQW 201: CGSVSSPSLK RLRIRFFHIP IISLDVPGLV YLELSCIFGS KYANVNLDSL VEARLNHWVE EQELRKLRDG SSHLVPADMM DLITGIRKVK VLHLTSDALE 301: LFYFSGQELP MFDNLVYLSI ASDKKQGWQI LPLLIKNSPN LETLVFKGLE HYTTKQCGDA CVCSGILGKS SSCLSSSRVK VLEIWSYQGT SKELKQMGHF 401: LMKLQFLELV KIRAVSNLQV PIDIQYLLKL PRASSNCKIQ AIF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)