AT2G42600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphoenolpyruvate carboxylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of four Arabidopsis phosphoenolpyruvate carboxylase proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphoenolpyruvate carboxylase 2 (PPC2); FUNCTIONS IN: phosphoenolpyruvate carboxylase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: tricarboxylic acid cycle; LOCATED IN: cytosol, apoplast, chloroplast, plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase, catalytic core (InterPro:IPR015813), Phosphoenolpyruvate carboxylase, active site (InterPro:IPR018129), Phosphoenolpyruvate carboxylase (InterPro:IPR001449), Phosphoenolpyruvate carboxylase, C-terminal region (InterPro:IPR021135); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphoenolpyruvate carboxylase 1 (TAIR:AT1G53310.3); Has 6860 Blast hits to 6799 proteins in 1908 species: Archae - 27; Bacteria - 2656; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 1774; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2399 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17734541..17738679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 109760.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 963 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAARNLEKMA SIDAQLRLLA PGKVSEDDKL IEYDALLLDR FLDILQDLHG EDVREFVQEC YEVAADYDGN RNTEKLEELG NMLTSLDPGD SIVVTKSFSN 101: MLSLANLAEE VQIAYRRRIK KLKKGDFADE ASATTESDIE ETLKRLLQLN KTPEEVFDAL KNQTVDLVLT AHPTQSVRRS LLQKFGRIRD CLTQLYAKDI 201: TPDDKQELDE ALQREIQAAF RTDEIRRTPP TPQDEMRAGM SYFHETIWKG VPKFLRRVDT ALKNIGINER VPYNAPLIQF SSWMGGDRDG NPRVTPEVTR 301: DVCLLARMMA ANLYFSQIED LMFEMSMWRC NEELRVRAER QRCAKRDAKH YIEFWKQIPA NEPYRAILGD VRDKLYNTRE RARQLLSSGV SDVPEDAVFT 401: SVDQFLEPLE LCYRSLCDCG DRPIADGSLL DFLRQVSTFG LALVKLDIRQ ESERHSDVLD AITTHLGIGS YKEWSEDKRQ EWLLSELSGK RPLFGPDLPK 501: TEEVADVLDT FKVISELPSD SFGAYIISMA TAPSDVLAVE LLQRECGITD PLRVVPLFEK LADLESAPAA VARLFSIEWY RNRINGKQEV MIGYSDSGKD 601: AGRLSAAWQL YKTQEELVKV AKEYGVKLTM FHGRGGTVGR GGGPTHLAIL SQPPDTIHGQ LRVTVQGEVI EQSFGEEHLC FRTLQRFTAA TLEHGMHPPV 701: SPKPEWRVLM DEMAIIATEE YRSVVFKEPR FVEYFRLATP ELEYGRMNIG SRPSKRKPSG GIESLRAIPW IFAWTQTRFH LPVWLGFGGA FKRVIQKDSK 801: NLNMLKEMYN QWPFFRVTID LVEMVFAKGD PGIAALYDRL LVSEELQPFG EQLRVNYQET RRLLLQVAGH KDILEGDPYL RQRLQLRDPY ITTLNVCQAY 901: TLKQIRDPSF HVKVRPHLSK DYMESSPAAE LVKLNPKSEY APGLEDTVIL TMKGIAAGMQ NTG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)