AT2G42530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cold regulated 15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
cold regulated 15b (COR15B); INVOLVED IN: response to cold, defense response to fungus; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold-regulated 15a (TAIR:AT2G42540.2); Has 194 Blast hits to 148 proteins in 43 species: Archae - 0; Bacteria - 18; Metazoa - 5; Fungi - 6; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:17709191..17709873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14961.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 141 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMSLSGAVL SGMGSSFHNV GAKQSGVGTV RVGRKSELVV VAQRKKSLIY AVKSDGNILD DLNEATKKAS DFVTDKTKEA LADGEKTKDY IVEKTIEANE 101: TATEEAKKAL DYVTEKGKEA GNKAAEFVEG KAEEAKNATK S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)