AT2G42100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Actin-like ATPase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Actin-like ATPase superfamily protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton, ATP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: actin cytoskeleton; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin, conserved site (InterPro:IPR004001), Actin/actin-like (InterPro:IPR004000), Actin/actin-like conserved site (InterPro:IPR020902); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: actin-11 (TAIR:AT3G12110.1); Has 15158 Blast hits to 14731 proteins in 3038 species: Archae - 6; Bacteria - 6; Metazoa - 5717; Fungi - 5232; Plants - 1603; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2592 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17560211..17561945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42119.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDLGDESVA IVCDNGTGMV KAGFAGDDAP RAVFPSVVGR PRHRGVMVGM DEKDTFVGDE AQARRGILSL KYPIEHGVVS NWDDMEKIWH HTFYNELRLE 101: PEEHPILLTE APLNPKVNRE KMTQIMFESF AFPSMYIGIQ AVLSLYSSGR TTGIVLDSGD GVSHTVPIYE GYALPHAILR LDLAGRDLTE YLTKIMMERG 201: YTYTTSAERE IVRDIKEKLC YIAVDYEQEM EKATTSSAID RTYELPDGQV ITIGAERFRC PEVLFQTSLI GMETSGIHET TYNSIMKCDV DIRKDLYGNI 301: VLSGGTTMFP GIADRMNKEI NALAPPSMKI KVVAPPERKY SVWVGGSILA SLSSFAPMWI TKAEYDEQGG AIVHRKCF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)