AT2G41540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.944 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 6-phosphogluconate dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with NAD-dependent glycerol-3-phosphate (G3P) dehydrogenase which was shown to complement an Escherichia coli strain: BB20-14, auxotrophic for glycerol/G3P due to a loss-of-function mutation in the gpsA gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GPDHC1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like (InterPro:IPR008927), Dehydrogenase, multihelical (InterPro:IPR013328), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR006109), NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR011128), NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase (InterPro:IPR006168); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 6-phosphogluconate dehydrogenase family protein (TAIR:AT3G07690.1); Has 4956 Blast hits to 4956 proteins in 1719 species: Archae - 20; Bacteria - 3172; Metazoa - 444; Fungi - 126; Plants - 154; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1040 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17326801..17328654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51494.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 462 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGSIEAKSL QSNGSVHHIG LNLEEKLDEF RRLLGKSEKD PLRIVSVGAG AWGSVFAALL QESYGGFRDK FQIRIWRRAG RAVDRETAEH LFEVINSRED 101: ILRRLIRRCA YLKYVEARLG DRTLYADEIL KDGFCLNMVD TPLCPLKVVT NLQEAVWDAD IVVNGLPSTE TREVFEEISK YWKERITVPI IISLSKGIET 201: ALEPVPHIIT PTKMIHQATG VPIDNVLYLG GPNIAAEIYN KEYANARICG AAKWRKPLAK FLRQPHFIVW DNSDLVTHEV MGGLKNVYAI GAGMVAALTN 301: ESATSKSVYF AHCTSEMIFI THLLAEEPEK LAGPLLADTY VTLLKGRNAW YGQMLAKGEI NRDMGDSISG KGMIQGVSAV GAFYQLLSQS SLSILPSEEK 401: KPVAPVESCP ILKTLYKILI TREQSTQAIL QALRDETLND PRDRIEIAQS HAFYRPSLLG QP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)