AT2G41510.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.997 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cytokinin oxidase/dehydrogenase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
It encodes a protein whose sequence is similar to cytokinin oxidase/dehydrogenase, which catalyzes the degradation of cytokinins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytokinin oxidase/dehydrogenase 1 (CKX1); FUNCTIONS IN: cytokinin dehydrogenase activity; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, cytokinin catabolic process, meristem development; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: lateral root, shoot apex, hypocotyl, root, flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain (InterPro:IPR015345), FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site (InterPro:IPR006093), FAD-linked oxidase-like, C-terminal (InterPro:IPR016164), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytokinin oxidase/dehydrogenase 6 (TAIR:AT3G63440.1); Has 6769 Blast hits to 6763 proteins in 1376 species: Archae - 168; Bacteria - 3882; Metazoa - 142; Fungi - 1302; Plants - 645; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 630 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17314626..17316861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64927.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 575 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLTSSLRFH RQNNKTFLGI FMILVLSCIP GRTNLCSNHS VSTPKELPSS NPSDIRSSLV SLDLEGYISF DDVHNVAKDF GNRYQLPPLA ILHPRSVFDI 101: SSMMKHIVHL GSTSNLTVAA RGHGHSLQGQ ALAHQGVVIK MESLRSPDIR IYKGKQPYVD VSGGEIWINI LRETLKYGLS PKSWTDYLHL TVGGTLSNAG 201: ISGQAFKHGP QINNVYQLEI VTGKGEVVTC SEKRNSELFF SVLGGLGQFG IITRARISLE PAPHMVKWIR VLYSDFSAFS RDQEYLISKE KTFDYVEGFV 301: IINRTDLLNN WRSSFSPNDS TQASRFKSDG KTLYCLEVVK YFNPEEASSM DQETGKLLSE LNYIPSTLFS SEVPYIEFLD RVHIAERKLR AKGLWEVPHP 401: WLNLLIPKSS IYQFATEVFN NILTSNNNGP ILIYPVNQSK WKKHTSLITP NEDIFYLVAF LPSAVPNSSG KNDLEYLLKQ NQRVMNFCAA ANLNVKQYLP 501: HYETQKEWKS HFGKRWETFA QRKQAYDPLA ILAPGQRIFQ KTTGKLSPIQ LAKSKATGSP QRYHYASILP KPRTV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)