AT2G41460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : apurinic endonuclease-redox protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
apurinic endonuclease-redox protein. It functions as an apurinic/apyrimidinic class II endonuclease, and is involved in DNA repair. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
apurinic endonuclease-redox protein (ARP); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AP endonuclease, family 1, conserved site (InterPro:IPR020848), DNA-binding SAP (InterPro:IPR003034), AP endonuclease, family 1 (InterPro:IPR000097), AP endonuclease, family 1, binding site (InterPro:IPR020847), Endonuclease/exonuclease/phosphatase (InterPro:IPR005135), Exodeoxyribonuclease III xth (InterPro:IPR004808); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2 calcium/lipid-binding endonuclease/exonuclease/phosphatase (TAIR:AT3G60950.1); Has 8976 Blast hits to 8966 proteins in 2340 species: Archae - 119; Bacteria - 5352; Metazoa - 387; Fungi - 388; Plants - 165; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 2563 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17285731..17288769 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60263.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 536 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNNVLQFGLQ SSAIYVAKFL VVPLRSLRVG SSFVGVGVGT RSFNKRLMSN ATAFSINNSK RKELKIPGAA IDQNCHQMGS DTDRDEMGTL QDDRKEIEAM 101: TVQELRSTLR KLGVPVKGRK QELISTLRLH MDSNLPDQKE TSSSTRSDSV TIKRKISNRE EPTEDECTNS EAYDIEHGEK RVKQSTEKNL KAKVSAKAIA 201: KEQKSLMRTG KQQIQSKEET SSTISSELLK TEEIISSPSQ SEPWTVLAHK KPQKDWKAYN PKTMRPPPLP EGTKCVKVMT WNVNGLRGLL KFESFSALQL 301: AQRENFDILC LQETKLQVKD VEEIKKTLID GYDHSFWSCS VSKLGYSGTA IISRIKPLSV RYGTGLSGHD TEGRIVTAEF DSFYLINTYV PNSGDGLKRL 401: SYRIEEWDRT LSNHIKELEK SKPVVLTGDL NCAHEEIDIF NPAGNKRSAG FTIEERQSFG ANLLDKGFVD TFRKQHPGVV GYTYWGYRHG GRKTNKGWRL 501: DYFLVSQSIA ANVHDSYILP DINGSDHCPI GLILKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)