AT2G40700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP binding, ATP-dependent helicase activity, nucleic acid binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT5G65900.1); Has 40440 Blast hits to 37904 proteins in 2977 species: Archae - 739; Bacteria - 19708; Metazoa - 6217; Fungi - 4486; Plants - 2481; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 6804 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16976783..16979392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68217.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 609 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRAQQSARE TKQEAKDASK AKSGLFASCS FSSLGLDTKL SDQLKERMGF EAPTLVQAQA IPVILSGRDV LVNAPTGTGK TIAYLAPLIH HLQGHSPKVD 101: RSHGTFALVI VPTRELCLQV YETLEKLLHR FHWIVPGYVM GGEKKAKEKA RLRKGISILI ATPGRLLDHL KNTASFVHKN LRWVIFDEAD SILELGYGKE 201: IEQIIKLLGS GQNEQGEEDD IVPKGIQKQN LLLSATLNDK VNDLAKLSLD DPVMIGLDNT KLQQNLSIES PAAPDSDAED MVIHVNKSAN PLSEDYGIPS 301: QLVQRYLRVP CGARLVALLS VLKNLFEREA SQKVVVFFST RDAVDFHYSL LSEFQWPPNS ETEEEGTKEL FLKCKTFRLH GSMEQEDRRS AFGTFKTEKQ 401: AVLLSTDVAA RGLDFPKVRC IIQYDCPGEA TEYVHRVGRT ARIGEKGEAL LFLQPIEIDY LKELKKHGAS LTEYPLMKVL DKFPIPGNMP RIKKVLSLES 501: HPWVISLQRA LESLTYAEPK MKSLAKNAFV SWVRGYAAHK GELKSIFVVK KLHLGHVAKS FALREQPSLV GKSHHKETMK RKRDERQKGQ QGKKRKKMSG 601: TGNRSTQKT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)