AT2G40370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, a member of laccase family of genes (17 members in Arabidopsis). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 5 (LAC5); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: response to copper ion; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 12 (TAIR:AT5G05390.1); Has 10120 Blast hits to 8186 proteins in 1337 species: Archae - 37; Bacteria - 4008; Metazoa - 431; Fungi - 3685; Plants - 1575; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 384 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16858192..16860593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64136.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 580 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVTKSLLCF ISFVAFLLFS SVAEANKAHH HEFIIQATKV KRLCETHNSI TVNGMFPGPM LVVNNGDTLV VKVINRARYN ITIHWHGVRQ MRTGWADGPE 101: FVTQCPIRPG SSYTYRFTIQ GQEGTLWWHA HSSWLRATVY GSLLVFPPAG SSYPFTKPHR NVPLLLGEWW DANPVDVLRE SIRTGGAPNN SDAYTINGQP 201: GDLYKCSSQD TTVVPINVGE TILLRVINSA LNQPLFFTVA NHKLTVVGAD ASYLKPFTTN VIVLGPGQTT DVLITGDQPP NRYYMAARAY QSAQNAPFGN 301: TTTTAILQYK SAPCCGVGGG SGTKKGNSFK PIMPILPAYN DTNTVTRFSQ SFRSLRRAEV PTEIDENLFV TIGLGLNNCP KNFRSRRCQG PNGTRFTASM 401: NNVSFALPSN YSLLQAHHHG IPGVFTTDFP AKPPVKFDYT GNNISRSLYQ PDRGTKLYKL KYGSRVQIVL QDTGIVTPEN HPIHLHGYDF YIIAEGFGNF 501: NPKKDTAKFN LEDPPLRNTV GVPVNGWAVI RFIADNPGVW IMHCHLDAHI SWGLAMAFLV ENGNGVLQTI EQPPHDLPVC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)