AT2G39700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : expansin A4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative expansin. Naming convention from the Expansin Working Group (Kende et al, 2004. Plant Mol Bio). Involved in the formation of nematode-induced syncytia in roots of Arabidopsis thaliana. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
expansin A4 (EXPA4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Barwin-related endoglucanase (InterPro:IPR009009), Pollen allergen, N-terminal (InterPro:IPR014734), Expansin (InterPro:IPR002963), Rare lipoprotein A (InterPro:IPR005132), Expansin/Lol pI (InterPro:IPR007118), Expansin 45, endoglucanase-like (InterPro:IPR007112), Pollen allergen/expansin, C-terminal (InterPro:IPR007117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: expansin A16 (TAIR:AT3G55500.1); Has 2158 Blast hits to 2155 proteins in 155 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 41; Plants - 2085; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 30 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16544246..16545434 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27849.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 257 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIKLAILFT TFVLFSLADA RIPGIYSGGA WQNAHATFYG GSDASGTMGG ACGYGNLYSQ GYGTNTAALS TALFNNGMSC GACFELKCAN DPQWCHSGSP 101: SILITATNFC PPNLAQPSDN GGWCNPPREH FDLAMPVFLK IAQYRAGIVP VSYRRVPCRK RGGIRFTING HRYFNLVLIT NVAGAGDIVR ASVKGSRTGW 201: MSLSRNWGQN WQSNAVLVGQ ALSFRVTGSD RRTSTSWNMV PSNWQFGQTF VGKNFRV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)