AT2G39550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.924 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Prenyltransferase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes the beta subunit of geranylgeranyl transferase (GGT-IB), involved in both ABA-mediated and auxin signaling pathways. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PGGT-I; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB geranylgeranyl transferase beta subunit 1 (TAIR:AT5G12210.1); Has 1518 Blast hits to 1317 proteins in 251 species: Archae - 0; Bacteria - 20; Metazoa - 603; Fungi - 437; Plants - 177; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 281 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16501666..16504144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41474.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 375 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSETAVSIDS DRSKSEEEDE EEYSPPVQSS PSANFEKDRH LMYLEMMYEL LPYHYQSQEI NRLTLAHFII SGLHFLGARD RVDKDVVAKW VLSFQAFPTN 101: RVSLKDGEFY GFFGSRSSQF PIDENGDLKH NGSHLASTYC ALAILKVIGH DLSTIDSKSL LISMINLQQD DGSFMPIHIG GETDLRFVYC AAAICYMLDS 201: WSGMDKESAK NYILNCQSYD GGFGLIPGSE SHGGATYCAI ASLRLMGYIG VDLLSNDSSS SIIDPSLLLN WCLQRQANDG GFQGRTNKPS DTCYAFWIGA 301: VLKLIGGDAL IDKMALRKFL MSCQSKYGGF SKFPGQLPDL YHSYYGYTAF SLLEEQGLSP LCPELGLPLL AAPGI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)